檢測新型冠狀病毒特異序列的方法最常見的是熒光定量PCR（聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)）。因PCR反應(yīng)模板僅為DNA，因此在進(jìn)行PCR反應(yīng)前，應(yīng)將新型冠狀病毒核酸（RNA）逆轉(zhuǎn)錄為DNA。在PCR反應(yīng)體系中，包含一對特異性引物以及一個Taqman探針，該探針為一段特異性寡核苷酸序列，兩端分別標(biāo)記了報告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)。探針完整時，報告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號被淬滅基團(tuán)吸收；如反應(yīng)體系存在靶序列，PCR反應(yīng)時探針與模板結(jié)合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性將探針酶切降解，報告基團(tuán)與淬滅基團(tuán)分離，發(fā)出熒光。每擴(kuò)增一條DNA鏈，就有一個熒光分子產(chǎn)生。熒光定量PCR儀能夠監(jiān)測出熒光到達(dá)預(yù)先設(shè)定閾值的循環(huán)數(shù)（Ct值）與病毒核酸濃度有關(guān)，病毒核酸濃度越高，Ct值越小。不同生產(chǎn)企業(yè)的產(chǎn)品會依據(jù)自身產(chǎn)品的性能確定本產(chǎn)品的陽性判斷值。

對于新型冠狀病毒的核酸檢測，首先根據(jù)試劑盒說明書”樣本要求“部分進(jìn)行樣本采集，常規(guī)的樣本類型包括咽拭子、鼻拭子、痰液、支氣管灌洗液、肺泡灌洗液等。

獲得患者樣本后，需盡快進(jìn)行檢測，如無法立即檢測需要轉(zhuǎn)運的樣本，應(yīng)按照說明書的要求進(jìn)行低溫封裝，并送到專門的檢測機(jī)構(gòu)進(jìn)行檢測。檢測機(jī)構(gòu)收到樣本后，對樣本進(jìn)行核酸提取，核酸提取試劑應(yīng)使用批準(zhǔn)產(chǎn)品說明書中指定的核酸提取試劑盒。

病毒RNA需要首先逆轉(zhuǎn)錄為cDNA，再進(jìn)行擴(kuò)增檢測。PCR擴(kuò)增和檢測應(yīng)使用批準(zhǔn)產(chǎn)品說明書中指定的熒光定量PCR儀，通過熒光定量PCR所得到的樣本Ct值的大小，可以判斷患者樣本中是否含有新型冠狀病毒。

上述過程中樣本的采集、保存、轉(zhuǎn)運，樣本核酸的提取和檢測、結(jié)果的判讀均須嚴(yán)格按照試劑盒說明書要求進(jìn)行。